Seguindo uma estratégia de melhoramento constante, a Etermar implementou um Sistema Integrado de Gestão (Qualidade, Segurança e Ambiente) baseada nos requisitos NP EN ISO 9001:2015, ISO 45001:2018 and NP EN ISO 14001:2015, em todas as suas instalações, delegações, sucursais e obras, tanto em Portugal como no estrangeiro.
O Sistema Integrado de Gestão (certificado desde Junho de 2013), foi certificado em 2025 pela BV (Bureau Veritas).
Juntamente com o Sistema Integrado de Gestão, a Etermar implementou um Sistema de Gestão Ambiental, cubrindo as suas embarcações e actividades marítimas, desta forma cumprindo com o IMS Code - International Safety Management Code.